Pertenece al grupo de las construidas tras el terremoto de 1356. Es de tres naves con ábside, siendo la nave de la Epístola (derecha) más estrecha que la de la del Evangelio. La torre adosada al testero (cabecera) de la nave de la Epístola, es posterior de finales del siglo XVII, quedó muy afectada por el terremoto de 1755 y fue reconstruida. El Retablo Mayor está compuesto por pinturas del siglo XVII, de Francisco de Zurbarán, las de San Pedro y San Pablo, y de su taller. Como curiosidad resaltar que en esta iglesia fue bautizado el pintor Juan de Valdés Leal.
La Iglesia está consagrada a San Esteban porque aquí se custodiaban unas reliquias traídas de Tierra Santa por don Fadrique Enríquez de Ribera, primer Marqués de Tarifa, que residia en la cercana Casa Pilatos. La relación de esta iglesia con los descendientes llegó a ser tan estrecha que en el siglo XVII, previo pago de quinientos ducados, estuvo unido el palacio a la iglesia mediante un arco hacia su propia tribuna.